Thanh tra đã kiểm tra 705 hồ sơ đền bù, thấy có đến 578 hồ sơ theo giấy chứng nhận quyền sử dụng đất là đất trồng cây hằng năm (màu, lúa màu) hoặc đất trồng cây lâu năm (màu, vườn, thổ vườn). Tuy nhiên huyện đã áp giá "đất vườn gò tự nhiên trong khu dân cư", khiến số tiền chi tăng thêm hơn 104 tỉ đồng.
(Năm 2004, UBND huyện Củ Chi trình và UBND TP.HCM duyệt phương án giá bồi thường có đặt ra tiêu chí "đất vườn gò tự nhiên trong khu dân cư", đơn giá 150.000 đồng/m2 - cao gấp đôi đất trồng cây lâu năm đã có hệ số K, không đúng quy định pháp luật thời điểm đó).
Thanh tra Chính phủ kết luận "hơn 104 tỉ đồng đã được chi trả cho dân, chưa phát hiện dấu hiệu vụ lợi nhưng cần phải kiểm điểm nghiêm túc. Trách nhiệm này thuộc UBND TP, Hội đồng thẩm định bồi thường giải phóng mặt bằng TP và Hội đồng thẩm định bồi thường giải phóng mặt bằng huyện Củ Chi".
Theo phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, việc xây khu tái định cư phải đồng thời với giải phóng mặt bằng, nếu chưa có khu tái định cư thì phải di dời người dân đến nơi bố trí tạm cư hoặc chi tiền tạm cư.
Có hơn 300 hộ thuộc diện tái định cư. Dự án tái định cư đã được phê duyệt rộng 18ha nhưng đến nay vẫn chưa được thực hiện.
Các hộ tự thu xếp nơi tạm cư được hỗ trợ mức 120.000 đồng/người/tháng hoặc 500.000 đồng/tháng với hộ có 5 nhân khẩu trở lên nhưng cũng không thực hiện.
"Hậu quả của việc chậm trễ xây dựng khu tái định cư và việc không bố trí tạm cư, không chi tiền tạm cư là những lý do mà người dân khiếu nại, không giao mặt bằng. Trách nhiệm này thuộc về Ban quản lý đầu tư xây dựng công trình huyện Củ Chi, UBND huyện Củ Chi và Công ty Thảo cầm viên Sài Gòn" - kết luận nêu.
Những hạn chế, khiếu nại phát sinh từ dự án có nguyên nhân ban đầu được kết luận thanh tra chỉ ra là do "TP.HCM chưa thực hiện đúng trình tự pháp lý quy định, giao cho Công ty Thảo cầm viên Sài Gòn làm chủ đầu tư khi công ty này không đủ năng lực thực hiện".
Trách nhiệm này thuộc Sở Kế hoạch - đầu tư và UBND TP giai đoạn 2001-2006. Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra thiếu sót về quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất và trách nhiệm thuộc về UBND TP, Sở Kế hoạch - đầu tư, Sở Xây dựng, Sở GTVT và Sở Quy hoạch - kiến trúc.
Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo chủ tịch UBND TP.HCM kiểm điểm nghiêm túc các tổ chức, cá nhân có liên quan, sớm rà soát, hoàn chỉnh các thủ tục pháp lý về chủ trương, quy mô, quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của dự án, khẩn trương xây khu tái định cư, tìm nơi tạm cư, chi tiền cho các hộ dân...
